মাইটোকন্ড্রিয়ায় প্রায় ১০০ ধরনের এনজাইম ও কো-এনজাইম থাকে। এগুলো শ্বসন, ক্রেবস চক্র ও ইলেকট্রন পরিবহনে কাজ করে।