অন্তর্নিহিত বা ইন্টিগ্রাল প্রোটিন লিপিড স্তরের মধ্যে প্রবেশ করে থাকে। এরা প্লাজমামেমব্রেনে আয়ন চ্যানেল তৈরি করে নির্বাচিত পরিবহনে সহায়তা করে।